लैम्ब्डा संस्करण: वैक्सीन प्रतिरोधी और अधिक संक्रामक?

सार्वजनिक डेटा विश्लेषण

SARS-CoV-2 वंशावली पर डेटा और चिली से उपलब्ध अनुक्रमों से नमूना लेने की तारीख को Consorcio Genomas CoV2 साइट से प्राप्त किया गया था। https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. विज्ञान, प्रौद्योगिकी, ज्ञान और नवाचार मंत्रालय के सार्वजनिक डेटा से टीकाकरण डेटा प्राप्त किया गया था https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (उत्पाद 83)।

संक्रामक परख

अलग-अलग SARS-CoV-2 स्पाइक प्रोटीन ले जाने वाले छद्म प्रकार के वायरस तैयार किए गए थे जैसा कि हमने पहले बताया था¹². संक्षेप में, HIV-1-आधारित SARS-CoV-2 स्यूडोटाइप को HEK293T कोशिकाओं में pNL4.3-ΔEnv-Luc को एक साथ 2:1 दाढ़ अनुपात में संबंधित pCDNA-SARS-CoV-1 स्पाइक कोडिंग वेक्टर के साथ ट्रांसफ़ेक्ट करके उत्पादित किया गया था। एंडोप्लाज्मिक रेटिकुलम में अवधारण से बचने के लिए जाने जाने वाले सी-टर्मिनल एंड (SΔ19) के अंतिम 19 अमीनो एसिड की कमी वाले कोडन-अनुकूलित स्पाइक को कोडित करने वाले प्लास्मिड¹² जीन संश्लेषण या अनुकूलित साइट-निर्देशित उत्परिवर्तजन (जीनस्क्रिप्ट) द्वारा प्राप्त किए गए थे और इसमें निम्नलिखित उत्परिवर्तन शामिल थे: वंश ए (संदर्भ अनुक्रम), वंश बी (डी६१४जी), वंश बी.१.१.७ (Δ६९-७०, Δ१४४, एन५०१वाई, ए५७०डी, D614G, P1.1.7H, T69I, S70A, D144H), वंश P.501 (L570F, T614N, P681S, D716Y, R982S, K1118T, E1K, N18Y, D20G, H26Y, T138I) और वंश C.190 (G417V, T484-I) 501, L614Q, F655S, D1027G, T37N)। कमरे के तापमान पर ३,००० आरपीएम पर सेंट्रीफ्यूजेशन द्वारा प्रत्येक छद्म प्रकार की तैयारी को साफ किया गया था, एचआईवी -75 गैग पी २४ क्वांटिकाइन एलिसा किट (आर एंड डी सिस्टम्स) का उपयोग करके मात्रा निर्धारित की गई थी, जिसे ५०% भ्रूण गोजातीय सीरम (सिग्मा-एल्ड्रिच) में विभाजित किया गया था और -८० डिग्री सेल्सियस तक संग्रहीत किया गया था। उपयोग। HEK-ACE76 कोशिकाओं को संक्रमित करने के लिए विभिन्न मात्रा में छद्मरूपित वायरस (जैसा कि HIV-246 p252 प्रोटीन के स्तर द्वारा निर्धारित किया गया है) का उपयोग किया गया था और 452 घंटे बाद, जुगनू लूसिफ़ेरेज़ गतिविधि को ग्लोमैक्स 490 माइक्रोप्लेट में लूसिफ़ेरेज़ परख अभिकर्मक (Promega) का उपयोग करके मापा गया था। ल्यूमिनोमीटर (पेमरेगा)।

तटस्थता परख

जैसा कि हमने पहले वर्णित किया था, स्यूडोटाइप्ड वायरस न्यूट्रलाइजेशन एसेज़ अनिवार्य रूप से किए गए थे¹². संक्षेप में, प्लाज्मा नमूनों के सीरियल dilutions (1:4 से 1:8748) DMEM में 10% भ्रूण गोजातीय सीरम के साथ तैयार किए गए थे और 5 डिग्री सेल्सियस पर 24 घंटे के दौरान प्रत्येक छद्मरूपित वायरस के p1 के 37 एनजी के साथ ऊष्मायन किया गया था और फिर, 1×10⁴ प्रत्येक कुएं में HEK-ACE2 कोशिकाओं को जोड़ा गया। HEK293T कोशिकाओं (ACE2 को व्यक्त नहीं करना) को स्यूडोटाइप्ड वायरस (वंश ए) के साथ एक नकारात्मक नियंत्रण के रूप में इस्तेमाल किया गया था। कोशिकाओं को 48 घंटे बाद lysed किया गया था, और जुगनू ल्यूसिफरेज गतिविधि को ग्लोमैक्स 96 माइक्रोप्लेट ल्यूमिनोमीटर (Promega) में ल्यूसिफरेज परख अभिकर्मक (Promega) का उपयोग करके मापा गया था। प्रत्येक कमजोर पड़ने के लिए न्यूट्रलाइजेशन के प्रतिशत की गणना की गई और प्रत्येक नमूने के ID50 की गणना ग्राफपैड प्रिज्म संस्करण 9.0.1 का उपयोग करके की गई।

सांख्यिकीय आंकड़े

ग्राफपैड प्रिज्म सॉफ्टवेयर संस्करण 9.1.2 का उपयोग करके सांख्यिकीय विश्लेषण किए गए थे। SARS-CoV-2 स्यूडोटाइप्ड वायरस के एक पैनल के खिलाफ एंटीबॉडी टाइटर्स (NAbTs) को बेअसर करने के लिए कई समूह तुलनाओं के साथ-साथ सेक्स और धुएं की स्थिति द्वारा NAbs प्रतिक्रियाओं की तुलना एक युग्मित विलकॉक्सन हस्ताक्षरित-रैंक परीक्षण का उपयोग करके की गई थी। कारक परिवर्तन की गणना आईडी में ज्यामितीय माध्य अनुमापांक के अंतर के रूप में की गई थी₅₀ वाइल्ड टाइप स्यूडोटाइप्ड वायरस की तुलना में। स्पीयरमैन के परीक्षण का उपयोग करके एनएबीटी और उम्र या बीएमआई के बीच सहसंबंध विश्लेषण किया गया था। संक्रामकता के सांख्यिकीय विश्लेषण के लिए वन-वे एनोवा और तुकी के बहु तुलना परीक्षण किए गए थे। एपी मान 0.05 को सांख्यिकीय रूप से महत्वपूर्ण माना जाता था।

नैतिक स्वीकृति

अध्ययन प्रोटोकॉल को यूनिवर्सिडैड डी चिली (परियोजनाओं एन ° ०३६१-२०२१ और एन ° ०९६-२०२०) और क्लिनिक सांता मारिया (परियोजना एन ° १३२६०४-२१) में चिकित्सा संकाय की आचार समिति द्वारा अनुमोदित किया गया था। सभी दाताओं ने सूचित सहमति पर हस्ताक्षर किए, और उनके नमूने गुमनाम कर दिए गए।

लैम्ब्डा वैरिएंट में स्पाइक म्यूटेशन का प्रभाव संक्रामकता और एंटीबॉडी प्रतिक्रियाओं को बेअसर करने पर

3695 जून के अनुसार GISAID में जमा किए गए चिली से 24 अनुक्रमों का विश्लेषण^th 2021 में SARS-CoV-2 वैरिएंट गामा और लैम्ब्डा का अंतिम तिमाही लेखांकन के दौरान, सभी अनुक्रमों के 79% के लिए एक स्पष्ट प्रभुत्व दर्शाता है।

दिलचस्प बात यह है कि इस अवधि को एक बड़े पैमाने पर टीकाकरण अभियान की विशेषता रही है, जिसमें लक्षित आबादी के 65.6% (18 वर्ष और अधिक उम्र के व्यक्ति) को 27 जून के अनुसार पूर्ण टीकाकरण योजना प्राप्त हुई है।^th 2021

यह देखते हुए कि पूरी योजना के साथ टीका लगाए गए 78.2% लोगों को सिनोवैक बायोटेक से निष्क्रिय वायरस वैक्सीन कोरोनावैक प्राप्त हुआ, हमने लैम्ब्डा संस्करण में मौजूद स्पाइक म्यूटेशन के प्रभाव की जांच करने की मांग की, जो इस टीके द्वारा प्राप्त एंटीबॉडी को बेअसर करने की क्षमता पर है।

इसके लिए, हमने वुहान-1 संदर्भ वंश (जंगली प्रकार; वंश A), D2G उत्परिवर्तन (वंश B), और अल्फा (वंश B) से स्पाइक प्रोटीन ले जाने वाले HIV-1-आधारित SARS-CoV-614 छद्म प्रकार के वायरस उत्पन्न किए। .1.1.7), गामा (वंश P.1) और लैम्ब्डा (वंश C.37) वेरिएंट।

वायरस की तैयारी के दौरान, हमने लगातार देखा कि लैम्ब्डा स्पाइक ले जाने वाले स्यूडोटाइप्ड वायरस से संक्रमित कोशिकाओं ने D614G म्यूटेंट या अल्फा और गामा वेरिएंट की तुलना में महत्वपूर्ण उच्च बायोल्यूमिनेशन मान उत्पन्न किए, जो लैम्ब्डा स्पाइक प्रोटीन द्वारा संचालित बढ़ी हुई संक्रामकता का संकेत देते हैं।

चित्रा 1।विभिन्न स्पाइक प्रोटीन द्वारा मध्यस्थता वाली संक्रामकता।

(ए) SARS-CoV-2 स्पाइक प्रोटीन और इस अध्ययन में प्रयुक्त वेरिएंट का योजनाबद्ध प्रतिनिधित्व। कोष्ठक में वंशावली का संकेत दिया गया है। आरबीडी, रिसेप्टर-बाइंडिंग डोमेन, सीएम; साइटोप्लाज्मिक पूंछ।

(बी) एचआईवी -1 पी २४ की समान मात्रा का उपयोग करके प्रत्येक वंश के छद्म प्रकारों का अनुमापन। जुगनू लूसिफ़ेरेज़ गतिविधि को संक्रमण के 24 घंटे बाद सापेक्ष ल्यूमिनेसिसेंस इकाइयों (RLU) के रूप में मापा गया था। औसत और एसडी की गणना एक प्रतिनिधि तीन प्रतियों के प्रयोग से की गई थी।

इसके बाद, हमने चिली के सैंटियागो में यूनिवर्सिडैड डी चिली और क्लिनीका सांता मारिया के स्वस्थ स्वास्थ्य कार्यकर्ताओं के 79 प्लाज्मा नमूनों का उपयोग करके न्यूट्रलाइजेशन एसेज़ करने के लिए ऊपर उल्लिखित छद्म प्रकार के वायरस का उपयोग किया।

हमने 4 नमूनों को बाहर कर दिया क्योंकि हम एक ID50 अनुमापांक की गणना करने में सक्षम नहीं थे। विश्लेषण किए गए नमूनों से, 73% महिलाओं, औसत आयु 34 वर्ष (IQR 29 - 43) और बॉडी मैक्स इंडेक्स (BMI) 25 (IQR 22.7 - 27) के अनुरूप हैं। 20.5% प्रतिभागियों ने सक्रिय धूम्रपान करने वालों के रूप में घोषित किया, जबकि टीकाकरण अवधि चली। कोरोनावैक वैक्सीन की दूसरी खुराक के बाद 95 दिनों (IQR 76 - 96) के मध्य में नमूने प्राप्त किए गए

हमने देखा कि जंगली प्रकार के स्पाइक प्रोटीन को ले जाने वाले छद्मरूपी विषाणु के निष्प्रभावी होने के परिणामस्वरूप 50% निरोधात्मक तनुकरण (ID .) हुआ₅₀) 191.46 (154.9 - 227.95, 95% सीआई,) का औसत अनुमापांक, जबकि यह 153.92 (115.68 - 192.16, 95% सीआई), 124.73 (86.2 - 163.2, 95% सीआई), 104.57 (75.02 - 134.11, 95% सीआई) था। ) और ७८.७५ (४९.८ - १०७.६, ९५% सीआई) क्रमशः D78.75G म्यूटेंट या अल्फा, गामा और लैम्ब्डा वेरिएंट से स्पाइक प्रोटीन ले जाने वाले छद्म प्रकार के वायरस के लिए।

हमने यह भी देखा कि आईडी . का ज्यामितीय माध्य अनुमापांक₅₀ लैम्ब्डा स्पाइक, 3.05 (2.57 - 3.61, 95% सीआई) के लिए गामा स्पाइक, 2.33 (1.95 - 2.80, 95% सीआई) ले जाने वाले छद्म प्रकार के वायरस के लिए टाइटर्स 2.03 (1.71 - 2.41, 95% सीआई) के कारक से कम हो गए। वाइल्ड टाइप स्पाइक की तुलना में अल्फा स्पाइक और 1.37 (1.20 - 1.55, 95% CI) के लिए D614G स्पाइक के लिए।

हमारे अध्ययन दल में लिंग, आयु, बॉडी-मास इंडेक्स (बीएमआई) या धूम्रपान की स्थिति और एंटीबॉडी टाइटर्स को बेअसर करने के बीच कोई संबंध नहीं देखा गया।

चित्रा 2।CoronaVac के टीकों से प्लाज्मा नमूनों का उपयोग करके न्यूट्रलाइजेशन परख

(ए) पारस्परिक ५०% न्यूट्रलाइजेशन टिटर (आईडी .) में परिवर्तन₅₀) D75G (वंश बी), अल्फा (वंश बी.614) के खिलाफ कोरोनावैक वैक्सीन के 1.1.7 प्राप्तकर्ताओं के प्लाज्मा नमूनों में,

गामा (वंश P.1) और लैम्ब्डा (वंश C.37) जंगली प्रकार के वायरस की तुलना में भिन्न होते हैं। परिणाम मिलान किए गए नमूनों के न्यूट्रलाइज़ेशन टाइटर्स में अंतर के रूप में दिखाए जाते हैं। आईडी की तुलना के लिए पी मान₅₀ विलकॉक्सन हस्ताक्षरित-रैंक परीक्षण के साथ गणना की जाती है।

(बी) बॉक्स भूखंडों ने आईडी के मध्य और इंटरक्वेर्टाइल रेंज (आईक्यूआर) का संकेत दिया₅₀ प्रत्येक छद्म प्रकार के वायरस के लिए। कारक परिवर्तन आईडी में ज्यामितीय माध्य अनुमापांक के अंतर के रूप में दिखाए जाते हैं₅₀ वाइल्ड टाइप स्यूडोटाइप्ड वायरस की तुलना में। विलकॉक्सन मिलान-जोड़े हस्ताक्षरित-रैंक परीक्षण का उपयोग करके सांख्यिकीय विश्लेषण किए गए थे।

साथ में, हमारे डेटा से पता चला है कि रुचि के नए मान्यता प्राप्त संस्करण लैम्ब्डा का स्पाइक प्रोटीन, जो चिली और दक्षिण अमेरिकी देशों में अत्यधिक परिसंचारी है, में वृद्धि हुई संक्रामकता और कोरोनावैक द्वारा प्राप्त एंटीबॉडी को बेअसर करने से बचने की क्षमता प्रदान करने वाले उत्परिवर्तन होते हैं।